L’écusson de FK Shkëndija est un blason ovale avec un contour extérieur noir, un champ supérieur blanc portant « KF Shkëndija », un ballon noir et blanc central, et des rayures verticales rouges et noires dans la moitié inférieure. Une bannière rouge sous le ballon porte « Tetovë 1979 », et une étoile dorée se trouve au-dessus de l’écusson.
Le nom Shkëndija signifie « étincelle » en albanais, tandis que « Tetovë » rattache l’écusson à la ville d’origine du club, Tetovo. Les couleurs rouge et noir sont centrales dans l’identité du club depuis sa fondation et sont étroitement associées à l’identité de la communauté albanaise derrière Shkëndija.
Shkëndija a été fondé à Tetovo le 27 août 1979, puis rétabli en 1992 après une période d’inactivité. L’étoile au-dessus de l’écusson reflète les succès nationaux du club, Shkëndija étant devenu l’un des principaux clubs de Macédoine du Nord à l’époque moderne.
