L’écusson de Qarabağ FK est un bouclier blanc bordé de bleu foncé et d’or, avec deux chevaux encadrant un ballon central. L’anneau central porte “Qarabağ FK” et l’année 1987, avec une couronne au-dessus, une rangée de petites étoiles en dessous et deux étoiles plus grandes au-dessus du bouclier.

Le cheval est le symbole principal de l’écusson et s’inspire officiellement du cheval du Karabakh, l’un des symboles culturels les plus connus de la région. Il renvoie aussi au surnom du club, Atlılar, qui signifie “Les Cavaliers”.

L’identité moderne de Qarabağ date de 1987, même si le club revendique des racines plus anciennes dans des équipes fondées à Aghdam avant l’adoption de ce nom. Qarabağ est devenu fortement associé à Aghdam et à la région du Karabakh, même après que la guerre a forcé le club à jouer loin de son foyer d’origine.

L’emblème du cheval était utilisé sur les supports du club avant d’apparaître sur le maillot en 2004. Les versions modernes conservent le cheval du Karabakh, la date 1987, le ballon et le nom régional au centre de l’identité du club.