L’écusson du Bayer Leverkusen est centré sur la célèbre croix Bayer — le mot « BAYER » écrit horizontalement et verticalement dans un cercle blanc — flanquée de deux lions héraldiques rouges et encadrée par des cartouches jaunes portant « 1904 » et « Leverkusen ».
La croix est la marque d’entreprise historique de Bayer AG, déposée en 1904 et portée pour la première fois sur le maillot du club dans les années 1930, soulignant les racines de l’équipe comme club d’usine pour les employés. Les lions font écho à l’héraldique régionale — les armoiries de Leverkusen présentent elles-mêmes un lion rouge bergisch — et rappellent aussi le lion utilisé dans les premiers emblèmes de l’entreprise Bayer, reliant ainsi les symboles de la ville et de la société.
Mis à part des raffinements modernes de couleur et de typographie depuis 1996, la formule de base de l’écusson, croix Bayer plus deux lions, est restée intacte, exprimant l’identité du club comme Die Werkself sous la « croix » de l’entreprise.
