La insignia de AJ Auxerre es un escudo azul con una ligera punta en la base, rematado por una pancarta blanca con la inscripción «A.J. AUXERRE» y centrado en una cruz maltesa blanca que encierra un balón de fútbol clásico con paneles.

Esta cruz maltesa ha estado asociada al club desde sus primeros años, tomada del símbolo utilizado por los movimientos juveniles católicos que inspiraron el nombre Asociación de la Juventud Auxerroise. La composición actual del escudo, con la cruz colocada sobre un campo azul y el nombre del club en una barra horizontal, se formalizó a finales de la década de 1980 y desde entonces se ha convertido en un marcador visual constante de la identidad de Auxerre.

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